Задержка с доработкой самолета Ju 288, предназначенного для замены Ju 88, вынудила рейхс-министерство авиации в конце 1942 г. заказать промежуточный вариант - Ju 188. В феврале 1943 г. начался выпуск опытной серии Ju 188В-0. Оснащенный звездообразными 1600-сильными моторами BMW 801, новый самолет отличался измененным хвостовым оперением и, несмотря на заостренные законцовки крыла, являлся вариантом Ju 88, и к тому же машины ранних выпусков не отличались сколько-нибудь значительными улучшениями летных и грузовых характеристик. Первые воздушные операции над Британией с участием Ju 188 были проведены в августе 1943 г., а вскоре после этого бомбардировщики стали применяться в качестве самолетов наведения.

Параллельно выпускался разведчик Ju 188F с моторами BMW 801D мощностью по 1700 л.с. Ju 188А-1, оснащенный двигателями Юмо 21 ЗА-1, был выпущен лишь к январю 1944 г.; одной из версий этой модели стал торпедоносец Ju 188А-3. Ju 188D - разведчик, разработанный на базе Ju 188А, a Ju 188Е-2 - бомбардировщик-торпедоносец. К этому времени большее внимание стало уделяться производству истребителей, и, после выпуска 1076 самолетов, производство Ju 188 весной 1944 г. было прекращено. Разведывательные варианты этой машины продолжали службу до окончания войны. Самым скоростным из Ju 188 стал Ju 188T, оснащенный 2168-сильными моторами Юмо 213Е-1 с трехскоростными двухступенчатыми компрессорами наддува и системой MW 50. Он развивал скорость до 700 км/ч.

Характеристики Ju 188E-1
Экипаж: 5 человек
Двигатели: звездообразные BMW 801ML, 2 x 1600 л.с.
Макс. скорость на высоте 6000 м: 500 км/ч
Время набора высоты 6000 м: 17,6 мин
Практический потолок: 9300 м
Дальность: 1950 км
Вес: пустого - 9860 кг; макс. взлетный - 14510 кг
Размеры: размах крыла - 22,00 м; длина - 14,95 м; высота - 4,44 м; площадь крыла - 56,00 м2
Вооружение: 2 х 20-мм пушки, 2 х 13-мм пулемета, 3000 кг бомб.